یكى دیگر از مساجد قدیمى مكه، مسجدى است منسوب به ابوبكر؛ گفته‏اند كه رسول خدا- ص- به هنگام هجرت، كه در شب به سوى غار ثور مى‏رفت و ابوبكر وى را همراهى مى‏كرد، حركت‏ خود را از آنجا آغاز نمود. این مسجد نیز در منطقه مسفله در نزدیكى مسجد حمزه قرار دارد. مسجد مزبور از قرن سوم به این سو، در مصادر تاریخى یاد شده است.
مسجد فعلى در محل قبلى مسجد بنا شده و فاصله آن تا مسجدالحرام چند صد متر و مساحت آن در حدود 160 متر مربع است.