«قبا» در اصل نام چاه و محل سکونت قبیله« بنی عمرو بن عوف انصاری» بوده است. بعضی آن را «قبوه» نیز خوانده اند. قبایل ساکن در این منطقه از پیامبر(ص) به گرمی استقبال کردند و نخستین کلامی که مردم از آن حضرت شنیدند این بود:« آشکارا سلام کنید و از طعام خود به دیگران بخورانید، صله رحم کنید و در شب، هنگامی که مردم در خواب هستند نماز گزارید، پس به سلامت داخل بهشت شوید». پیامبر(ص) بر« کلثوم بن هدم» وارد شده و خانه« سعد بن خیثمه» را محل پذیرایی و دیدار مردم قرار دادند. ایشان تصمیم گرفتند برای شناسایی بهتر منطقه یثرب و موقعیت « یهود» چند روز در این قریه اقامت گزینند و این انگیزه ای شد تا نخستین پایگاه عبادی را در آخرین ایستگاه هجرت به دست خود بنا کنند. شاید هم بتوان گفت تصمیم آن حضرت برای توقف، رسیدن حضرت علی(ع) و اهل بیت بوده است. دیر نپایید که علی(ع) نیز در این روزها به قبا وارد شد و به گفته «ابن اسحاق» کنار پیامبر(ص) در خانه کلثوم بن هدم ساکن شد و «ابوبکر بن ابی قحافه» که از قبل، همراه رسول خدا(ص) بود نیز در منزل«خبیب بن اساف» در« سنح»( یک مایلی مدینه) ساکن شد. پیامبر(ص) کنار خانه کلثوم بن هدم« مربدی» را که به وی متعلق بود خرید و پایه و اساس بنای « مسجد قبا» را آغاز فرمود. این امر بنا به تقاضای ساکنان این محل صورت گرفت. طبرانی از« جابر بن سمره» نقل کرده است که وقتی ساکنان قبا از پیامبر(ص) خواستند تا مسجدی برای ایشان بنا کند، آن حضرت به همراهان فرمودند، کسی از شما سوار شتر من« القصوه» شود؛ پس«ابوبکر» سوار شد و حرکت کرد ولی شتر به جای اولش برگشته و به زمین نشست پس از وی « عمر بن خطاب» سوار شد و حرکت کرد ولی شتر به جای اولش برگشته و به زمین نشست. سپس پیامبر فرمودند: یا علی! برخیز و سوار شو. "علی بن ابی طالب ایستاد و پاهایش را در رکاب شتر قرار داد و محکم کرد. رسول خدا به او فرمودند: زمام آن را به دست گیر و حرکت کن که این شتر مامور است. پس به یاران خود امر کردند که بر سیر گردش شتر، خطی بکشند، آنان نیز چنین کردند لذا محدوده مسجد مشخص شد.پیامبر خود خط قبله را مشخص و سپس دوش به دوش اصحاب به ساخت آن مشغول شدند. مکان مسجد در سمت شمال خانه کلثوم بن هدم و در سمت غرب خانه سعد بن خیثمه قرار داشت. دیوارهای آن با سنگ و خشت برافراشته و سقف نیز بر روی سه ردیف ستون استوار شد. محل محراب پیامبر (س) را نیز قبل از تغییر قبله در دیوار شمالی مسجد قرار دادند. به گفته "ابن شبه" طول و عرض آن مساوی و 66 ذراع یعنی حدود 34 متر بود ارتفاع دیوار 17 ذراع (هشت متر) طول حیاط از داخل 50 ذراع (24 متر) و عرض آن به 26 ذراع (سیزده متر) می رسید. پیامبر اکرم به اندازه ای خود را در ساختن مسجد به زحمت انداخته و خشتها را بر دوش می کشیدند که اصحاب متاثر شده و از ایشان خواستند تا کنار نشسته و فقط ناظر امور باشند اما آن حضرت نپذیرفته و چنین می کردند. قدافلح من یعمر المساجدا یقر القرآن قانما و قاعدا رستگار کسی است که مسجد را بنا کند و در آن نشسته و ایستاده قرآن بخواند. کسی که برای ساختن آن خود را به تلاش می اندازد با کسی که در کنار نشسته و نظاره می کند تا مبادا خاک بر دامانش نشیند مساوی نیستند. در میان اصحاب، شش تن از یاران فداکار رسول گرامی از جمله "سلمان فارسی"، "مقداد بن اسود" و "عمار بن یاسر" در ساختن این مسجد بیش از دیگران تلاش می کردند. همچنین به نقل بعضی از مورخان، زنان نیز در ساختن مسجد قبا فعالیت داشته اند، آنان شب هنگام سنگها را برای ساختن مسجد حمل می کردند و مردان، روزها آنها را در ساخت مسجد به کارمی بردند. سرانجام خداوند با نزول این آیات، اجر و پاداش سازندگان آن را عطا فرمود: "المسجد اسّس علی التّقوی من اوّل یوم ...فیه رجال یحبّون ان یتطهّروا والله یحبّ المطهّرین". به نقل بسیاری از مفسران، این آیه به سال نهم هجری و در شان این مسجد نازل شده است و آن هنگام بود که گروهی از منافقان در آن سال از غیبت پیامبر (س) که برای جنگ تبوک خارج شده بودند. استفاده کرد و در مقابل مسجد قبا مسجدی ساختند تا تحت پوشش آن به توطئه علیه اسلام و مسلمانان بپردازند. آنان حتی برای کسب مشروعیت اقدام خود، از رسول خدا (ص) خواستند تا در آن مسجد نماز گزارد اما در این هنگام خداوند به پیامبرش وحی فرمود که: "لا تقم فیه ابدا لمسجد اسس علی التقوی... ای پیامبر هرگز در آن جا نماز بر پا نکن زیرا آن مسجدی که در اولین روز (هجرت) براساس تقوی بنا شده است محق تر و سزاوارتر است که در آن به نماز بایستی تا مسجدی که بر شالوده نفاق و تفرقه و گمراهی بنا شده باشد... در آن مسجد مردانی هستند که دوست دارند پاک باشند و خداوند پاکان را دوست دارد. پیامبر که از توطئه آنان به وسیله وحی آگاه شده بود دستور داد تا آن مسجد را که پس از نزول آیه مورد اشاره مسجد ضرار نام گرفت تخریب کنند اصحاب نیز هجوم برده و آن را تخریب و سپس سوزانیدند. شایان گفتن است مسجد قبا اولین مسجد در اسلام نیست و قبل از آن، مساجد دیگری نیز در مدینه وجود داشته که در فصلهای بعدی به آن اشاره خواهد شد، اما منظور از "اول یوم" در قرآن کریم اولین روزهای هجرت است ودیگر این که قبا نخستین مسجدی است که به دست پیامبر و مهاجران و انصار برای عموم ساخته شده است. در فضیلت مسجد قبا روایات زیادی است. از جمله این که: دو رکعت نماز در مسجد قبا برابر با حج عمره است. همچنین کتب صحاح و سنن آمده است که رسول خدا هر شنبه با پای پیاده یا سواره به مسجد قبا می آمده و در آن نماز می گزاردند. پیامبر اسلام می فرمود: دو رکعت نماز در مسجد قبا برای من بهتر از آن است که دوباره به بیت المقدس بروم، اگر می دانستند در قبا چیست جگرهای شتران را می زدند و به سوی آن می تاختند تا از فضیلت آن بهره مند شوند. مسجد قبا در دوران عثمان بن عفان تعمیر و گسترش یافت. در زمان عمر بن عبدالعزیز (87 ق) و نیز پس از آن، در دورانهای دیگر تا زمان سعودی بارها تعمیر و گسترش یافته ولی در دوران سعودی تعمیری اساسی یافت. این توسعه از سال 1405 ق. شروع شد و مساحت آن از 1352 متر به 7465 متر مربع رسید و 56 گنبد بر آن ساخته شد که قطر هر یک 30/5 متر و ارتفاع آن نیز بین 24- 18 متر بود. چهار منازه نیز به ارتفاع 42 متر بر گوشه های آن ساختند. خانه ها مجاور از جمله خانه کلثوم بن هدم و سعد بن خیثمه که پیامبر (ص) در اولین روزها در آن ساکن شدند و تخریب و به مسجد اضافه شد. شبستانهای آن یک گنبدی مخصوص دارند، هشت ستون از شبستان متعلق به دوران خلیفه سوم و عمر بن عبدالعزیز است. محل محراب و نماز پیامبر به سوی بیت المقدس که در شبستان کنونی و کنار ستون سوم قرار داشته به صورت محراب ساخته شد و پلکانی بر بالای آن قرار یافت. این محراب در دوران سعودی محو و تنها یک ایوان نیم متری به جای آن قرار داده شد. محل نماز پیامبر در شبستان جنوبی، نزدیک ستون سوم کنونی است. در رکن غربی قبله مکانی بوده که آن را مسجد علی می گفتند: "دار سعد بن خیثمه" باشد که پیامبر و علی در آن نماز گزارده اند. امروزه هیچ نشان و اثری از آن نیست. همچنین فاطمه (س) دختر گرامی در این مسجد، گندم اسباب کرده و نان می پخته اند. نمای بیرونی مسجد قبا در دوران سعودی تغییرات عمده ای یافته است. این مسجد تا مسجدالنبی حدود 5/3 کیلومتر فاصله دارد و حدود20 هزار نمازگزار را در خود جای می دهد.