مسجد قبلتين به دست طايفه بنو سواد بن غنم بن كعب ساخته شد و ازآنجا كه مربوط به مساله تغيير قبله است،بايد در همان اوايل هجرت رسول خدا-ص-ساختهشده باشد.مساله تغيير قبله در پانزده شعبان سال دوم هجرت روى داد.تا پيش از آنمسلمانان به سوى بيت المقدس نماز مىخواندند.طعنه يهوديان و دعاى رسول خدا-ص-سبب شدتا خداوند ضمن آيات 142 تا 150 سوره بقره،تغيير قبله را به سوى كعبه بيان كند.دريكى از اين آيات خطاب به رسول آمده است:
«نگريستنت را به اطراف آسمان مىبينيم.تو را به سوى قبلهاى كهمىپسندى مىگردانيم. پس روى به جانب مسجد الحرام كن.و هر جا كه باشيد روى بدانجانب كنيد.اهل كتاب مىدانند كه اين دگرگونى به حق و از جانب پروردگارشان بودهاست.و خدا از آنچه مىكنيد غافل نيست.»
يك نقل چنان است كه حكم تغيير قبله در وسط نماز ابلاغ شد ونمازگزاران دو ركعت از نماز ظهر را به سوى بيت المقدس و دو ركعت بعدى را به سوىكعبه خواندند.درباره اين نقل، البته تصور گردش در ميانه نماز قدرى دشوار به نظرمىرسد گرچه ممكن است هم گردش بوده و هم حركت.اما در اين كه رسول خدا-ص-در مسجدقبلتين نماز مىخواند يا مسجد النبى،دو روايت مختلف ذكر شده است;يك روايت بيانگراين است كه رسول خدا-ص-در مسجد قبلتين نماز مىخواند و از اين جهت آن را قبلتينناميدهاند.روايت ديگرى گوياى آن است كه رسول خدا-ص-در مسجد خود نماز مىخوانده وعدهاى نيز در مسجد قبلتين بودهاند،در وسط نماز ظهر به آنها خبر رسيد و آنها بهسوى كعبه نماز خواندند