او که يکي از مشاهير فقهاي اماميه و مؤسس حوزه علميه نجف است، در سال 460هـ . وفات يافت و در خانه خود مدفون گرديد، اين مکان پس از مدتي تبديل به مسجدي گرديد که طي ده قرن گذشته يکي ازمراکز تدريس حوزه نجف شمرده مي شود. امروزه اين مسجد به نام «جامع الشيخ الطوسي» در شمال حرم مطهر و به فاصله کوتاهي از آن قرار دارد و نيز در گوشه اي از اين مسجد آرامگاه علاّمه آية الله سيد محمد مهدي بحر العلوم قرار گرفته که از مشاهيرعلماي اماميه و متوفاي 1212 هـ . است.
10 ـ همانطور که پيشتر گذشت، نجف آرامگاه جمع بسياري از عالمان بزرگ است که برخي از آنان عبارتند از:
* علامه حلّي ، در اتاقي که در راهروي جنب گلدسته شمالي قرار دارد، مدفون است.
گفتني است که قبر حاج آقا مصطفي خميني(رحمه الله) در همين مقبره قرار دارد.
* مقدس اردبيلي ، در اتاقي که در ايوان طلا و جنب گلدسته جنوبي واقع شده، مدفون است.
* سيد محمد کاظم يزدي ، قبر او در مقبره بزرگي است که در سمت شمال صحن مطهر قرار دارد.
* شيخ مرتضي انصاري ، قبر وي درون اتاقي است که در سمت غرب راهرو و دالان باب القبله قرار دارد.
* ميرزاي نائيني ، مدفون در دومين مقبره پيش از زاويه جنوبي است.
* آخوندخراساني، در مقبره جنوبي واقع در دالان باب الذهب قراردارد. درنزديک اومدفن فقيه مشهور ميرزا حبيب الله رشتي وسيد ابوالحسن اصفهاني واقع است.
* آية الله بهبهاني ، وي از رهبران مشروطيت بود که به دست مخالفان و عوامل بيگانه ترور شد. قبر او در دوّمين مقبره پس از دروازه باب السوق، به سمت شمال قرار گرفته است.
* علاوه بر اين بزرگان، که داراي مقابر مشهوري هستند، در صحن و حجره هاي اطراف آن نيز گروه زيادي از شخصيتهاي ديني مدفون اند که برخي از آنان عبارتند از آيات عظام: سيد محمد سعيد حبوبي، شربياني، شيخ محمد حسن آشتياني، سيد ابوالقاسم خويي، سيد محمود شاهرودي، حاج آقا حسين قمي، شيخ الشريعه اصفهاني، سيد عبدالحسين شرف الدين. آقا ضياءالدين عراقي، شيخ محمد حسين غروي اصفهاني، حاج محمد حسين امين الضرب و جز اينها.