در زمانی که شاه اسماعیل صفوی بغداد را به تصرف خود درآورد، به قصد زیارت مضجع شریف امام حسین(علیه السلام) به کربلا آمد و برای اثبات صحت و سندیت مدفن جناب حر و همچنین اثبات شانیت و جایگاه او دستور داد تا مرقد حر را نبش قبر کنند.

در هنگامیکه نبش قبر صورت گرفت در کمال حیرت و ناباوری دیدند که پیکر جناب حر با همان هیبت و کیفیتی که کشته شده است در قبر قرار گرفته و سر او نیز با دستمالی بسته شده است.

از آنجایی که در نقل های معتبر تاریخی ذکر شده که بعد از زخمی شدن حر و اصابت تیر به سرش، امام حسین(علیه السلام) دستمال خود را به سر حر بست.به همین جهت شاه اسماعیل صفوی تصمیم گرفت تا به عنوان یادبود و تبرک، این دستمال را از داخل قبر برداشته و از آن مکان خارج کند. پس از باز کردن این دستمال متبرک، خون تازه ای از پیشانی و جبین جناب حر جاری شد و تحت هیچ شرایطی این خون قطع نشد تا آنکه مجدد همان دستمال به سر او بسته شد. این کار چندین مرتبه تکرار شد تا آنکه همه افراد حاضر در مقبره حر دانستند این ماجرا موهبتی الهی است که نصیب حر شده است.

به همین سبب شاه اسماعیل دستور داد تا قبّه ای بر مزار وی بنا کنند و خادمی نیز بر آن گماشته شود تا در مرقد حضرت حر به خدمت بپردازد.

لازم به ذکر است که زائران دانشگاهی با زیارت مزار نورانی جناب حر ضمن ارج نهادن به مقام والای او، با امام و مولای خود حضرت اباعبدالله الحسین (علیه السلام) عهد و پیمان می بندند تا همچون حر، مردانه در رکاب امام زمان خویش ایستاده و خدمت کنند‌.